Der Verfassungsschutz Thüringen hat die Junge Alternative Thüringen als gesichert rechtsextremistisch eingestuft. Die durch die Jugendorganisation der AfD Thüringen vertretenen Positionen seien unvereinbar mit dem Grundgesetz und der Thüringer Landesverfassung.
Die Junge Alternative Thüringen wurde als rechtsextremistischer Verdachtsfall seit 2021 bearbeitet. Die Einstufung als gesichert rechtsextremistisch erfolgte mit Wirkung zum 28. März 2024. Die Positionen der JA Thüringen sind unvereinbar mit dem Grundgesetz und der Thüringer Landesverfassung. Die JA Thüringen bezieht sich regelmäßig auf ein ethnisch homogenes deutsches Staatsvolk und eine deutsche Abstammungsgemeinschaft.
Der Verfassungsschutzpräsident Stephan Kramer erklärt, dass die JA die Thüringer AfD dabei unterstützt, junge Menschen mit dem Versprechen von Gemeinschaft und Zusammengehörigkeit zu radikalisieren. Die JA hat sich ganz auf die Linie von Thüringens AfD-Chef Björn Höcke begeben.